设施农业是农村农业生产的重要组成部分，随着农业现代化水平不断提升，设施农业生产日益增多。因此，对于设施农业用地空间的管制需要更加严格的制度和政策保障。

2007年，国土资源部、农业部《关于促进规模化畜禽养殖有关用地政策的通知》（国土资发〔2007〕220号）指出，畜禽舍等生产设施及绿化隔离带用地，按照农用地管理，不需办理农用地转用审批手续；管理和生活用房、疫病防控设施、饲料储藏用房、硬化道路等附属设施，属于永久性建（构）筑物，其用地比照农村集体建设用地管理，需依法办理农用地转用审批手续，规模化畜禽养殖用地禁止占用基本农田。

2010年，国土资源部、农业部发布《关于完善设施农用地管理有关问题的通知》（国土资发〔2010〕155号）首次提出了设施农业用地分为生产设施用地、附属设施用地两大类，明确了相应的用地范围及标准、严禁占用基本农田规定，确定了设施农业用地由县级国土部门和农业部门负责备案。

2014年，国土资源部 农业部发布《关于进一步支持设施农业健康发展的通知》（国土资发〔2014〕127号），将设施农业用地分为生产设施用地、附属设施用地、配套设施用地，明确提出对于平原地区从事规模化粮食生产涉及的配套设施建设，选址确实难以安排在其他地类上、无法避开基本农田的，经县级国土资源主管部门会同农业部门组织论证确需占用的，可占用基本农田。

2019年，自然资源部 农业农村部《关于设施农业用地管理有关问题的通知》（自然资规〔2019〕4号，以下简称4号文）明确指出，设施农业用地种植设施不破坏耕地耕作层的，可以使用永久基本农田，不需补划；破坏耕地耕作层，但由于位置关系难以避让永久基本农田的，允许使用永久基本农田但必须补划。养殖设施原则上不得使用永久基本农田，涉及少量永久基本农田确实难以避让的，允许使用但必须补划。

2020年，自然资源部办公厅《关于设施农业用地上图入库有关事项的通知》（自然资办函〔2020〕1328号）明确要求，自然资规〔2019〕4号文件出台后新建或在建的设施农业用地，原则上在2020年底前全部在设施农业用地监管系统上图入库；4号文件出台前已建的设施农业用地，原则上在2021年6月30日前全部上图入库。

2021年，自然资源部 农业农村部 国家林业和草原局《关于严格耕地用地管制有关问题的通知》（自然资发〔2021〕166号，以下简称166号文）明确：严禁新增占用永久基本农田建设畜禽养殖设施、水产养殖设施和破坏耕作层的种植业设施。自文件发布后，原则上新上的设施农业用地将不能再使用永久基本农田。

文件要求：县级自然资源、农业农村主管部门、乡镇政府要将设施农业用地纳入日常监督检查范围，形成联动工作机制；市级自然资源、农业农村主管部门负责设施农业用地使用情况核查，对发现的违法违规行为，督促县（市、区）依法依规整改；省自然资源、农业农村主管部门负责通过各种技术手段进行设施农业用地监管，不定期组织开展核查；各市自然资源和农业农村主管部门可结合地方实际，进一步明确保障措施和具体实施要求，细化操作办法，规范设施农业用地管理。